中国工程院作出“效益显著”、“利多弊少”的结论时，国务院三峡建委还在规划三峡工程后续工作，规划大纲指出，“随着三峡工程建成运行，一些新情况、新问题逐步暴露，亟待解决。”
“公案”一则
全国人大通过关于兴建长江三峡工程决议十年后，2002年5月16日，三峡总公司请来三峡工程最大的“反对派”——中组部原副部长李锐到建设现场考察，当时一团和气，事后却引起一段“公案”。
三峡总公司主办的《中国三峡工程报》和香港《文汇报》其后刊出报道称，李锐对三峡工程不无赞许，“能搞成这样很不容易，修好了将是一个天大的好事。”
看到报道，时任全国人大常委会委员长的李鹏，同年6月21日写下日记，认为李锐“对三峡工程的认识有了一些变化”。(引自《众志绘宏图——李鹏三峡日记》，下称《日记》)
“毫无变化。”93岁的李锐对此予以否认，他是在2009年11月23日接受《瞭望》新闻周刊采访时作出这番表示的。
但他也证实，曾对枢纽工程质量表示满意，“从技术上看，能修这样一个大工程，了不起。”
三峡工程论证领导小组副组长兼技术总负责人、83岁的两院院士潘家铮，向本刊记者回忆起李锐的那次考察，他记得李锐当时是这样说的:“我对三峡工程的态度是明确的，也难改变了。但看了工地的建设后还是很高兴、放心的，希望尽量建好。”
李锐和潘家铮曾是水电系统的上下级同事，后来成为三峡论战的重量级“对手”。
“他是数十年如一日的反三峡派的骨干和统帅，”潘家铮在《我所知道的李锐》一文中这样写道，“没有他，三峡之争绝难如此‘波澜壮阔’。”
争论归争论，交情归交情。1992年全国人大通过三峡工程决议后，潘数次登门拜访李。李欣赏潘的技术乃至文学才华，潘亦敬重李的忧国忧民，敢于直言，称李对三峡“居功至伟”。
“李锐在五十年代反三峡(工程)立了大功，那个时代没有能力、没有需要搞三峡(工程)，草率上马，后果严重。”潘家铮对《瞭望》新闻周刊说，“他八十年代仍然反对，这对三峡论证也大有好处，质疑有利于工作的改进。”
不符合“跃进精神”的决议
“你知不知道南宁会议？林一山那个时候红得很啊。”93岁的李锐向本刊记者忆起半个世纪前的南宁会议，口气很是自得，在那次会议上，他把三峡工程拉下马了。
1958年1月17日，时任电力部部长助理兼水电总局局长的李锐突然接到中办通知，要他第二天乘专机去南宁，讨论“三门峡”(电报多了一个“门”字)问题。
他后来才知道，毛泽东主席在南宁会议上提议要修三峡工程，当时持保留态度的国务院副总理薄一波提出，有个李锐是搞水电的，和林一山争论过三峡工程的问题。毛泽东就说，把他们两人都找来当面谈一谈。
林李之争始于1956年。这年6月，毛泽东畅游长江，写下《水调歌头·游泳》，“更立西江石壁，截断巫山云雨，高峡出平湖”传遍中国。随后，被毛泽东称为“长江王”的长江水利委员会(后改称长江流域规划办公室，下称长办；1988年又改称原名，下称长江委)主任林一山，在《中国水利》上发表两万字长文，主张尽快修建三峡工程，唯此才能解决长江的洪水问题。他建议蓄水高程为235米，比现在的175米，还高60米。
李锐阅罢林文，认为“太离谱”，“大半个重庆市都会被淹没”；于是，在《水力发电》上也回敬一篇两万字长文，从防洪、国民经济等各种角度全面反驳。
在南宁会议上，毛泽东设下擂台，让林、李直接交手。
李锐刚抵达宾馆即被泼冷水，毛泽东的秘书田家英找上门来，急切地告诉他，主席在大批“反冒进”。
