除了破坏行动，蒋介石集团还指挥特务部门在新中国成立前夕进行了大规模的屠杀行动。屠杀的重点是重庆白公馆、渣滓洞和新世界集中营等监狱关押的人员，其中，大部分是共产党员和进步人士。
白公馆所关押的主要是###，还有一小部分违纪的军统分子。1949年11月，蒋介石由台湾到重庆，命令毛人凤将关押的革命进步人士速予屠杀；违纪的军统分子，案情轻微的予以释放，严重的并与屠杀。毛人凤接到命令后，派保密局第六处副处长徐钟奇到重庆清理该所人犯，除释放大部分违纪的军统分子外，最后报蒋介石批准屠杀的共30余人。毛人凤接到蒋介石的批示后，令陆景清于同月25日执行屠杀。据郭旭回忆，这次屠杀共杀死36人，“是于25日集中在一间房子用机关枪射杀的。个别没有射死的再用手枪补杀死了”。
渣滓洞看守所在重庆解放前夕实行了两次大屠杀，一次是1949年10月底，一次是11月27日，共屠杀了140多人。
第一次屠杀了革命人士42人。这42人都是中共干部及党团员，有工委、市委、地委、县委、###、工运及军事方面的负责人。这些革命人士，是于1948年春由重庆绥靖公署第二处处长徐远举和保密局重庆站站长吕世琨合作搜查《挺进报》，破坏了中共重庆市委地下组织，由于中共重庆市委书记刘国定的叛变而被捕的。其中交由重庆警备司令部在大坪公开屠杀的有濮华辅、邓兴邦、江竹筠、陈然等10人，秘密屠杀的有刘国志、王濮等32人。
第二次屠杀了100人左右。徐远举派西南长官公署第二处所属的行动总队副总队长钟铸人会同渣滓洞看守所所长李磊及看守长徐贵林等执行。郭旭对屠杀时的场景进行了回忆：“先将该所判处死刑的人犯集中在一间大房子内，将铁门锁上，用机关枪扫射屠杀，然后用汽油将那所房子焚烧了。……当机关枪扫射时，被屠杀的烈士们，有的高呼‘共产党万岁’，‘毛主席万岁’；有的当时没有被打死的被火烧死了，惨叫之声，不绝于耳。连刽子手钟铸人都说：‘在战场上和敌人打仗，因为怕被敌人打死，开机关枪时越打越起劲；在渣滓洞用机关枪射扫人犯，看到他们手无寸铁，乱窜惨叫，心里实在有些难过。但是上面的命令，只好昧着良心指挥他们扫射，这个玩意真不好干啊！’”
新世界看守所原关押犯人150余人，1949年11月间，经蒋介石批准判处死刑的革命人士30余人。11月26日，毛人凤指使保防处处长周养浩将这30余人押赴中美合作所旧址内的松林坡进行了屠杀，屠杀后即在那里挖了一个大坑掩埋。
以上所述是新中国成立前夕国民党特务进行的大规模屠杀行动。除此之外，国民党还对进步人士进行了大规模的暗杀行动。1949年初，蒋介石、毛人凤炮制出一份暗杀名单。在这张名单上，蒋介石的政敌--李宗仁、龙云、白崇禧、黄绍竑、刘斐、李济深、李任仁、宋庆龄、张学良、杨虎城、傅作义、何思源、陈仪等人都榜上有名。一时间，国统区暗杀行动连绵不绝，人人自危。下面以杨虎城、杨杰等人被暗杀为例，对蒋介石集团在这一时期实行的暗杀行动作一简要说明。
