当今的明仁天皇是大和王朝“万世一系”的第125代天皇。虽然据日本最古老的历史书籍《古事记》与《日本书纪》记载，日本的第一代天皇--神武天皇于公元前660年建国即位，后世还把这一天定为日本“建国纪念日”。但实际上，于公元592年登基的推古女皇以上的33代天皇似乎都未曾降临过人世（这些天皇均是《古事记》中虚构的，以完成天皇从神到人的过渡）。而第一个提及“天皇”称号的应是日本历史上名声显赫的圣德太子。圣德太子在推古二年即开始摄政，摄政时间长达30年之久。圣德太子曾派遣特使小野妹子远赴中国大陆，给隋炀帝捎去一封国书。在国书中，圣德太子写道:“东天皇敬白西天皇”，曾引起目空一切的隋炀帝的满腔怒火。
公元4世纪中期，今天皇族的祖先统一了割据的小国，在关西地区建立了大和政权。此时中国已进入两晋时期。大和政权吸收了中国的高度文明，开始使用汉字。6世纪，正式接受儒教，佛教也传入日本。7世纪时，推古女皇的侄子圣德太子仿效隋唐，锐意政治革新，并以“大化改新”为契机，试图建立一个以天皇为绝对君主的中央集权国家。只可惜圣德太子壮志未酬身先死，其革新大业也因之付诸东流。
公元710年，日本定都平城京（现奈良市及近郊），标志着日本皇室开始从古坟时代进入了奈良时代，同时也迎来了律令国家的兴盛时期。与后世相比，奈良时代与此前的古坟时代基本上是男女天皇分掌天下:从公元592年至公元7781年近200年间在位的18位天皇中，女性占了8位。而之后经历了漫长的900年，皇室中才又诞生一位女天皇，她就是于1633年登基的德川幕府时期的明正女皇。
8世纪末，日本将都城移至平安京（现在的京都）。开始了在日本历史上具有转折意义的平安时代。在平安朝初年，皇室乃至公卿贵族和文人墨客都大力推崇菊花之美。中国每年的九月初九重阳节在日本又称菊节。在这一天，皇太子率诸公卿臣僚到紫宸殿拜谒天皇，君臣共赏金菊、共饮菊酒。10月，天皇再设残菊宴，邀群臣为菊花践行。也许日本皇族族徽上的菊花便是此时镌刻上去的。遥想当年，平安朝留给人们的记忆似乎就是菊黄蟹肥。
10～11世纪时，皇室的外戚藤原氏垄断政权长达200多年，皇权开始旁落。几位天皇禅位后被迫退隐寺院，与青灯古佛相伴。从这一时期几位天皇的年号似乎就可以读出其内心的萧索和无奈，如醍醐、冷泉、圆融、花山等。这一时期被史学家们称为“院政时代”。
12世纪末，源赖朝受封征夷大将军，并在镰仓建立日本历史上第一个幕府政权，从此产生了武士政权，日本开始成为一个军事封建国家。镰仓时代的1274年，蒙古人建立的元朝曾第一次派大军进犯，但因台风摧毁了舰队而功亏一篑。1333年，镰仓幕府垮台，后醍醐天皇在足利义满的协助下重返京都，史称“建武中兴”。但三年之后的1336年，足利义满又立光明为新天皇，将后醍醐赶出京都。后醍醐逃到吉野，另立朝廷，日本分为南北朝，但大权仍操纵在北朝天皇任命的征夷大将军足利义满手中。
应仁元年（1467年）一月，应仁之乱爆发，全国各地的大名？穴约自10世纪起，日本各领地的最高长官。--编注？雪纷纷而起，足利义满建立的室町幕府摇摇欲坠，日本进入长达100年的战国时代。
战国时代的日本群雄并起，各领风骚。笙町、安土、桃山、江户时代交迭嬗递。织田信长、丰臣秀吉、德川家康三大枭雄基本主宰了近代日本的历史与社会。相形之下，皇族只能徒叹无奈。
16世纪中叶，一位青年将领横刀而起，发誓决心以武力统一日本、结束令众生颠沛流离的乱世。此人便是尾张国的领主织田信长。织田信长1573年推翻足利幕府，三年后在琵琶湖畔的安土城建造城堡作为大本营，因此，信长的时代被称为“安土时代”。1582年信长被一个心怀不满的家臣所弑，正受命出征的织田家重臣羽柴秀吉闻讯后立即回师东向，杀死叛臣，为织田信长复仇。
在织田信长主要家臣会议上，秀吉力主以信长之孙为幼主。随后，他又连续击败明智光秀、柴田胜家，于1590年完成了织田信长未竟的遗业，一统天下。后亲町天皇赐姓“丰臣”，并受封“关白”一职，丰臣秀吉时代被称为“桃山时代”。丰臣秀吉野心勃勃，曾准备征服朝鲜、中国、菲律宾和印度，但终因日本国力不逮而未能如愿。1597年，丰臣在又一次远征朝鲜失利后急怒交加一病不起，次年以62岁之龄辞世。
丰臣秀吉死后，身为丰臣统治体制中五大老之一的德川家康拥重兵睥睨天下。他于庆长五年（1600年）发动关原之战，大败西军，削平群雄，建立起德川政权，战国时代遂告结束。庆长八年，德川家康受封征夷大将军，在江户建立了幕府政权。此后260多年德川家统治日本全国，为日本带来了持久的和平。江户时代重现了菊影婆娑、樱飞如雪的美丽景致。
如果说在此前的平安、镰仓、室町及战国时代，天皇还多少拥有一些皇室的尊严，那么到了德川幕府时期，所剩无几的一点皇权也被褫夺殆尽。1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》共17条，详细限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《禁中并公家诸法度》明确规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事，凡官员任命、天皇的出巡等均须征得幕府的允准。惟一保留天皇权力的只有第八条“天皇有权按本朝先规决定年号”。元和九年（1623年），德川家第三代将军德川家光就职，下令锁国，一律禁止外国人来日本，也禁止日本人远渡海外。由于闭关自守，幕藩体制迎来了安定时期。但是，随着商品经济的发展，农民自给自足的经营体系崩溃。18世纪起，幕藩体制开始动摇。
