明朝与日本的贸易关系，由于倭寇的骚扰，显得异常复杂。明初几位皇帝曾寄希望于通过外交途径来抑制倭寇的侵扰，故对日本实行过羁縻政策，颁赐给勘合，准许他们入明朝贡。但是，因双方对“朝贡”的理解不一样，明朝方面企图以此作为“羁縻”手段，以消除“衅隙”；而日本却将其看作是营利之机，甚至把某些资金的筹集都寄托在朝贡之上。因此，日本各大名、寺社往往因争取入明朝贡而激烈地竞争着，终于在宁波酿成了拼杀事件——“争贡之役”。此后，明朝则改变对日贸易的政策，罢市舶，中断与日本的贸易关系，结果在东南沿海一带全面遭到倭寇骚扰，也就是所谓的“嘉靖倭患”。当倭患基本被平定后，明朝虽然在漳州月港宣布开海贸易，但对日本仍实行严禁政策，且终明之世，两国未再恢复过正常的贸易关系。
一
明太祖立国之初，鉴于倭寇入寇山东海滨郡县，掠民男女而去，于洪武二年(1369年)二月派杨载出使日本，赐日本国王玺书，要求各安其土。其书写道:“……间者山东来奏，倭兵数寇海边，生离人妻子，损伤物命。故修书特报正统之事，兼谕倭兵越海之由。诏书到日，如臣，奉表来庭；不臣，则修兵自固，永安境土，以应天休。”但是，当时日本正处于南北战争时期，南朝的怀良亲王不仅不接受明朝的和解倡议．反而杀了使者中的5人，把杨载、吴文华2人拘留了三个月才放回。而当时明太祖对日本的国情并不是很了解，错把征西将军怀良当成是日本国王。在倭寇骚扰越来越严重，从山东转掠至温州、台州、明州，甚至福建沿海郡县时，于洪武三年(1370年)三月再遣莱州府同知赵秩出使日本，持诏谕怀良亲王。怀良开始时误认为明朝使者是蒙古所派，后经赵秩一再解释，则同意派僧人祖来随之入明朝贡，且送还明州、台州被虏男女70余口。明太祖对此大加赞赏，诏赐祖来等人文绮、帛及僧衣等物。待辞行时，又派僧人祖阐、克勤等8人护送还国，并赐怀良《大统历》及文绮、纱罗等。从此开始了中日两国之间的外交往来。
明太祖为了了解日本的真实国情，据说曾在奉天殿召见当时正挂饧于金陵天界寺的日本僧人椿庭海寿，询问其日本国情。从中了解到与之打交道的怀良亲王并非日本国王，而博多、太宰府亦非日本之京城。当祖来人贡至金陵时，太祖亦询及日本情况，并知在京都另有朝廷和天皇。因此，到祖来返国时，则派嘉兴府天宁禅寺住持仲猷祖阐和金陵瓦官寺住持无逸克勤为使，以与京都之天皇往来。同时，太祖也因误与怀良打交道，而对自己原先计划通过外交途径敦促日本抑制倭寇侵扰的做法感到怀疑，他说道:“幼君在位，臣擅国权，傲慢无礼，致使骨肉并吞，岛民为盗，内损良善，外掠无辜，此招祸之由，天灾难免。”从此对一切非日本朝廷派来的贡使一概拒绝接受，其中如洪武七年(1374年)，日本肥后菊池武政派来的僧人宣闻溪等、日本大隅守护岛津氏久派来的僧人道幸等；洪武十四年(1381年)，怀良亲王派来的僧人如瑶等；洪武十九年(1386年)，怀良亲王派来的僧人宗嗣亮等，均下命却其贡。不过，明太祖对这些海外国家还是坚持其羁縻政策，洪武四年(1371年)，他在奉天门告谕各省、府、台大臣说:“海外蛮夷之国，有为患于中国者，不可不讨；不为中国患者，不可辄自兴兵。古人有言，地广非久安之计，民劳乃易乱之源。如隋炀帝妄兴师旅，征讨琉球，杀害夷人，焚其宫室，俘虏男女数千人。得其地不足以供给，得其民不足以使令，徒慕虚名，自弊中土，载诸史册，为后世讥。朕以诸蛮夷小国，阻山越海，僻在一隅，彼不为中国患者，朕决不伐之。”他把朝鲜、日本、大小琉球、安南、真腊、暹罗、占城、苏门答腊、西洋、爪哇、彭亨、百花、三佛齐、勃泥等15国列为“不征诸夷”，并载诸《祖训》，以防“后世子孙，倚中国富强，贪一时战功，无故兴兵，致伤人命。”
但是从另一方面来看，明太祖对误将怀良亲王当成日本国王，遣使往答而使者遭其拘留二载始遣返一事，一直不能忘怀。他敕令中书省曰:“今日本蔑弃礼法，慢我使臣，乱自内作，其能久乎。”要求中书省移书将其意告谕怀良亲王，“使其改过自新，转祸为福。”至洪武十六年(1383年)，又以“通谋胡惟庸”为借口，断绝与怀良亲王的朝贡关系。此事据说起于“明州备倭指挥林贤，以罪流日本。惟庸将为乱，遣人取贤回，就借精兵四百，与僧如瑶来献巨烛，中藏火药、兵器，意在图乱。事觉，磔贤于市，而绝其贡。”有关此事的真伪，在史学界颇有争议。日本学者木宫泰彦认为:“从当时怀良亲王对明朝所抱的强硬态度和日本人民从弘安以来培养起来的冒险精神来推测，是很有可能的。”另一位日本学者秋山谦藏亦持同样看法:“这事在《明太祖实录》中虽未见记载，然当时正值明建国创业之际，而日本国内亦正纷乱，因此发生这种事，虽程度有别，但并非不可能。”但有的中国学者却认为:“胡惟庸的罪名，名目繁多。朱元璋在他身上除了罗织谋逆、僭越等罪之外，再来一条林贤通倭和如瑶诈贡之类的故事，是有其政治需要的。因为这样加重罪名之后，使胡案株连更广，可以此为据打击更多他所要打击的对象。”无论这些看法如何，明太祖毕竟是以此为借口，终止了与日本的朝贡贸易关系。同时，改变了原先寄希望于日本方面抑制倭寇侵扰的消极做法，转而实行加强海防，积极防御倭寇的政策。他于洪武十七年(1384年)正月，命令信国公汤和巡视浙江、福建沿海城池，筑登、莱至浙沿海59城，以防御倭寇骚扰。洪武二十年(1387年)三月，又命令江夏侯周德兴往福建，以福、兴、漳、泉四府民户三丁取一，为沿海卫所戍兵，其原置军卫非要害之所即移置之。周德兴至福建后，则按籍抽兵。相视要害可为城守之处，具图以进。另选丁壮15000余人，筑城16，增置巡检司45，分隶诸卫，以防御倭寇。
